京九铁路自东北向西南穿过肃宁全境，境内长19.8公里，在肃宁县城东南设有肃宁站。朔黄铁路是中国西煤东运第二运煤通道，自西向东横穿县境中部，在县城东北与京九铁路相交。神华集团朔黄铁路公司及下属肃宁分公司、机辆公司、路畅达公司、财务中心、神华集团货车公司检修中心等办公机构、生产生活区均驻肃宁。县城以北设有肃宁北站，为朔黄铁路线上最大的编组站，上、下行共计31股道，主要到发线长度2800米，共有350台机车，3000余名职工，具备接发2万吨重载列车的能力和年通过3.5亿吨运量的条件。